Nhìn chung thanh long tương đối ít bị sâu bệnh phá hoại như nhiều cây ăn quả khác.Chúng tôi sẽ nêu ra một số tác nhân gây ra bệnh ở cây thanh long sau đây.
1. Côn trùng
Kiến: cắn, đục khoét làm hư hom giống và các cành thanh long non, cắn mất tai lá trên trái, gây tổn thương vỏ trái, đây là loại côn trùng dễ phòng trừ.
Để phòng trị dùng Basudin (Diazinon) 10H, Padan 4G, 10G trộn đều với cát 2/1000 rải đều quanh gốc hoặc những nơi làm tổ. Khi tấn công vào các ổ kiến thì dùng Bi 58, Diazinon,…
Bọ xít: hại thanh long từ khi có nụ hoa đến khi trái hình thành, chúng chích hút nhựa, để lại những vết chích rất nhỏ nhưng đến khi quả chín nơi các vết chích sẽ xuất hiện một chấm đen, mất giá trị xuất khẩu. Việc phòng trừ dùng Trebon, Applaud Mipc, Bassa… nồng độ 0,2%. Phun lên khu vườn có bọ xít xuất hiện.
Ruồi vàng hay ruồi trái cây (Dacus dorsalis): là đối tượng nguy hiểm đang được báo động hiện nay. Trưởng thành chích và đẻ trứng vào quả gây thoái hóa phần thịt quả và phần nhựa chảy ra ngoài vỏ làm quả thanh long bị hư, không xuất vườn được. Là đối tượng mới xuất hiện trên thanh long nhưng ruồi trái cây đã phá rất nhiều loại quả ở nước ta vì thế cần chú ý phòng trừ. Cần vệ sinh đồng ruộng như thu dọn và hủy các quả rụng, rải thuốc diệt nhộng dưới đất, đặt bả có chứa chất dẫn dụ trích từ cây é tía trộn với thuốc trừ sâu để diệt ruồi. Hiện nay, các thuốc như Ruvacon 90L và Vizubon D đã có chứa sẵn chất dẫn dụ là Metyl eugenol 75% nên tiện cho nhà vườn hơn.
2. Bệnh
Bệnh thối đầu cành: ngọn cành thanh long chuyển màu vàng, rồi mềm, sau đó thối. Cây tăng trưởng chậm, số cành giảm hẳn. Bệnh hay xảy ra vào cuối mùa nắng. Bệnh xảy ra không những trên đất phèn (đất thấp) mà còn cả trên đất cao nữa. Nguyên nhân chính là do nấm Alternaria sp. gây ra. Trị bằng cách phun Rovral 2 lần liên tiếp cách nhau 1 tuần.
Bệnh đốm nâu trên cành: thân cành thanh long có những đốm tròn như mắt của màu nâu. Vết bệnh nằm rải rác hoặc tập trung, thường kéo dài thành từng vệt dọc theo thân cành. Có nhiều vết acervulus tròn đen năm rải rác. Tác nhân là nấm Gloeosporium agaves. Thuộc họ Nectrioidaceae, Bộ Melanconialea, Lớp Deuteromycetes.
Bệnh nám cành: trên thân cành có một lớp màng mỏng màu xám tro, nhám. Tác nhân là nấm Macssonina agaves Syd và Sphaceloma sp. Họ Nectrioidaceae, Bộ Melanconiales, Lớp Deuteromycetes. Biện pháp phòng trị chung cho các bệnh thanh long là vệ sinh đồng ruộng, chống úng và chống hạn cho cây. Khi tới mức độ phải trị thì dùng thuốc Rovral, hoặc Anvil 5sc (30 – 100 g a.i./ha) phối hợp với Topas (10 – 50 g a.i./ha). Ngoài sâu bệnh kể trên thanh long còn bị dơi, chim, chuột phá hoại quả nữa.
3. Các hiện tượng sinh lý:
Hiện tượng rụng nụ: xuất hiện khi số nụ trên cành nhiều. Sau khi nụ xuất hiện 5 – 7 ngày thì nụ không phát triển nữa, vàng rồi rụng. Tỷ lệ rụng từ 10% đến 20%. Cây tự quân bình sinh lý để nuôi quả còn lại trên cây. Để hạn chế sự rụng quả sinh lý cần bón phân tưới nước đầy đủ và quân bình.
Hiện tượng nứt vỏ trái: do thời tiết, trời hạn ở giai đoạn vỏ quả phát triển, sau đó mưa nhiều hoặc tưới nhiều vào lúc ruột qua phát triển nên quả nứt. Mặt khác, do nhà vườn treo quả lâu đợi dịp có giá mới bán. Để hạn chế nên kiểm soát độ ẩm đất, không để vườn khô hạn trong thời kỳ cây nuôi quả.